Né dans une famille de la haute noblesse du Portugal - son père est vice-roi au Brésil- Jean est introduit comme page la cour de Lisbonne à l’âge de 9 ans. Il y est compagnon du futur roi, Pierre II de Portugal. Malgré les instances du prince, Jean entre dans la Compagnie de Jésus le 17 Décembre 1667.

Peu avant son ordination il reçoit la nouvelle qu’il attendait. Il est destiné à partir en Inde y rejoindre les missionnaires qui travaillent déjà dans la région du Maduré. Il quitte Lisbonne en mars 1673 et arrive à Goa en septembre de la même année.

Britto se familiarise d’abord avec la structure sociale des Castes aux règles strictes et compliquées. Comme son prédécesseur Roberto de Nobili, mort une quinzaine d’années avant son arrivée, Britto adopte les règles de vie ascétique des religieux hindous : il se fait Pandaraswami, et prend le nom de Arulanandar. À partir de 1676, il visite les communautés chrétiennes de Gingy et Thanjavur (deux royaumes indépendants) et s’installe dans la région de Maduré dont il est le supérieur de 1685 à 1686.

Britto est envoyé en Europe pour faire un rapport sur l’état de la mission. Il arrive à Lisbonne en septembre 1687. Au Portugal il rencontre les communautés jésuites où ses récits suscitent l’enthousiasme missionnaire. 

 Consterné à la vue du son ami d'enfance, missionnaire émacié, vieilli, et surtout marqué par les tortures subies, Pierre II tente de le garder au Portugal pour s’occuper de ses enfants. Britto refuse, alléguant que les besoins sont bien plus grands en Inde. Il reprend le bateau le 19 mars 1690, avec un groupe important de nouveaux missionnaires.

Débarquant à Goa en novembre 1690, il se rend à Maduré, en passant par le royaume de Maravar. Pour des raisons de sécurité il ne reste jamais longtemps au même endroit. Cependant un prince royal, malade et ayant entendu parler des dons de thaumaturgie de Britto, le fait demander pour en recevoir le baptême. Britto envoie d’abord un catéchiste pour s’assurer de la sincérité de la demande. Après une préparation adéquate, Britto accepte de le rencontrer et le baptise le 6 Janvier 1693, avec sa première épouse, les autres étant répudiées.

Une des épouses répudiée, nièce du roi de Maravar, se plaint auprès de ce dernier : le roi s’estime insulté par ce renvoi. Britto est arrêté le 8 janvier, incarcéré à Ramnad et condamné à mort le 28 janvier. Deux jours plus tard Jean de Britto est transféré à Oriyur où il est exécuté par décollation (4 février 1693).

Béatifié le 21 août 1853 par Pie IX, Jean de Britto est canonisé le 22 juin 1947 par Pie XII : sa commémoration liturgique se fait le 4 février (jour de sa mort).